井沢（沢村一樹）たちの拠点となっているミハンルームに、代議士の児島祐三（信太昌之）や警視庁、総務省の上層部が視察にやってくる。案内役の香坂（水野美紀）は、ミハンのこれまでの業績をアピールするとともに、現在、大学病院の医師・真田雄大（猪征大）を危険人物として捜査中だと報告する。

真田は、サバイバルナイフを購入しているほか、ネットに匿名で『スーパードクター』と呼ばれる同じ大学病院の外科医・益子博文（近江谷太朗）への恨みを書き込んでいた。真田は、大学病院を追い出され、来月には離島に赴任するのだという。

潜入捜査中の山内（横山裕）や小田切（本田翼）は、人事の件で会う予定になっていた真田と益子をマークしていた。その際、山内は、待合室にいた男・多田敦彦（真青ハヤテ）が医師に化け、真田たちが会うカンファレンスルームに向かっていることに気づく。ミハンの予測と違う事態の発生に驚く香坂たち。山内は、多田を発見して後を追ったが逃げられてしまう。

その直後、真田がカンファレンスルームにやってくる。するとそこには、ナイフで刺され倒れている益子の姿が。

益子の緊急オペが続く中、捜査一課の早川（マギー）と門田（粗品）は、重要参考人として真田に任意同行を求める。一方、井沢や加賀美（柄本明）は、ミハンのデータがねつ造されているとにらみ、医療関係の情報を扱う東京医療情報ラボを訪れる。そこで井沢たちを待っていたのは、かつてミハンの統括責任者・東堂定春（伊藤淳史）だった。東堂は、加賀美がミハンの現場にいることに驚いていた。東堂が警視庁に入庁したころ、すでに加賀美はミハンのプロトタイプを作り上げていたのだという。

全面協力を約束した東堂は、さっそく警備員の清野（岡田地平）からサーバールームの入室記録を受け取り、人の出入りを調べた。が、真田の個人情報を検索した履歴は残っていたものの、誰かが入室した記録はなかった。ラボのセキュリティは最高レベルで、専用回線を使用しているため外部からデータを見ることは出来ないことから、犯人はラボに侵入し、入室記録も改ざんしたものと思われた。

同じころ、小田切は、意識を取り戻した益子に会っていた。益子は、部屋の明かりが突然消えて襲われたため、犯人の顔は見ていないという。その際、益子は、真田に伝えてほしいことがある、と小田切に告げた。

東堂は、あるデータを井沢たちに見せた。それは、医師の能力や患者の状態を鑑みて、オペの成功率を割り出すシミュレーションだった。そして、益子がオペを行う予定だった患者のデータを誰かが閲覧したログが残っていた。オペの成功率９３％。その患者とは、益子以外にオペは不可能と思われる、シュワン細胞腫を患っていた元総理大臣の南雲信敏（浜田晃）だった。

犯人の本当の狙いが南雲元総理だと知った井沢は、犯人が再び益子の命を狙う可能性も視野に入れる。香坂は、ミハンに組み込まれている官邸直轄の情報機関・内閣情報調査室のデータをもとに、南雲に紐づいた人物を割り出す。そこで浮上した要注意人物のひとりが、先日ミハンルームに視察にきた児島だった。児島は、南雲の経済再生政策に反目したことから、長い間冷遇されていたらしい。

そのころ真田は、門田から厳しい取り調べを受け、偽りの自白をする寸前まで追い込まれていた。井沢とともに真田に会いに行った香坂は、益子の言葉を彼に伝えた。益子自身が真田の無実を信じていること、真田の能力を評価しているからこそ敢えて厳しく接していたこと、真田に中央と地方の医療格差をなくす架け橋になってもらいたいと思っていたことを……。

議員会館を訪れた井沢と吉岡は、カフェにいた児島に聞こえるように、噂話を始める。清掃員に扮した山内と加賀美は、児島のパソコンをウィルス感染させていた。

井沢たちの思惑通り、児島は今回の犯行に関わっていると思われる相手に連絡する。その相手は、すぐに加賀美が侵入していることに気づき、盗み見られている画面をシャットダウンさせると、益子は必ず殺すと児島に伝えた。

井沢たちは、加賀美もその力を認めるほどのクラッカーが相手であることから、遠隔操作で益子を殺そうとするものと予測。相手が狙うであろう血糖値を管理するインスリンポンプに細工をして、逆にパソコンをハッキングして正体をあぶり出した。それは、東堂のラボにいた警備員・清野だった。

同じころ、清野を待っていた児島の前に、多田が現れる。多田は、児島に罪をかぶせ、自殺に見せかけようとしていた。小田切とともに児島をマークしていた山内は、激しい格闘の末、多田を倒す。

井沢と加賀美は、捕らえた清野から話を聞こうとする。井沢たちは、南雲の暗殺を児島に持ちかけたのは清野ではないと睨んでいた。

曽根崎は、門田と会っていた。そこで門田は、元警察庁次長・町田（中村育二）の殺害は、井沢以外に有力な容疑者はいない、と曽根崎に伝える。

井沢に会った東堂は、町田の事件や今回の一件に関して、気になることがあると伝える。東堂がミハンの統括責任者だったとき、法制化の大きな壁のひとつが南雲の存在だったのだという。ミハンの法制化が見送られたのも、南雲の意向が働いていた可能性が高かった。そこで井沢は、今回の事件で動いていたクラッカーに思い当たる人物がいると加賀美が言っていたことを東堂にも伝えた。

香坂に電話した北見（上杉柊平）は、曽根崎が心配していたと告げる。曽根崎は、香坂はどちらの味方なのか、と言っていたらしい。「私はミハンの味方です」。香坂は、北見にそう返した。

電話を終えた北見の視線の先に、小田切と篠田（高杉真宙）の姿があった。篠田は、サッカーをしている少年たちを撮影すると、カメラを小田切に向けてシャッターを押した。

29日後。加賀美は、26年前に起きた事件について話していた。映画館で、ひとりの男が神経ガスを撒いた事件だ。「そこで僕は『罪』を犯した。僕が犯した『罪』を、君は知っているね」。そう話す加賀美に銃を突き付けていたのは、北見だった――。